در سال 200 هجرى قمرى در پى اصرار و تهدید مأمون عباسى سفر تبعید گونه حضرت رضا (ع) به مرو انجام شد و آن حضرت بدون این که کسى از بستگان و اهل بیت خود را همراه ببرند راهى خراسان شدند.

یک سال بعد از هجرت برادر، حضرت معصومه (س) به شوق دیدار برادر و ادای رسالت زینبی و پیام ولایت به همراه عده اى از برادران و برادرزادگان به طرف خراسان حرکت کرد و در هر شهر و محلى مورد استقبال مردم واقع مى شد. این جا بود که آن حضرت نیز همچون عمه بزرگوارشان حضرت زینب(س) پیام مظلومیت و غربت برادر گرامیشان را به مردم مؤمن و مسلمان مى رساندند و مخالفت خود و اهلبیت (ع) را با حکومت حیله گر بنى عباس اظهار مى کرد. بدین جهت تا کاروان حضرت به شهر ساوه رسید عده اى از مخالفان اهلبیت که از پشتیبانى مأموران حکومت برخوردار بودند،سر راه را گرفتند و با همراهان حضرت وارد جنگ شدند، در نتیجه تقریباً همه مردان کاروان به شهادت رسیدند، حتى بنابر نقلى حضرت(س) معصومه را نیز مسموم کردند.

به هر حال ، یا بر اثر اندوه و غم زیاد از این ماتم و یا بر اثر مسمومیت از زهر جفا، حضرت فاطمه معصومه (س)بیمار شدند و چون دیگر امکان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد شهر قم را نمود. پرسید: از این شهر«ساوه» تا «قم» چند فرسنگ است؟ آن چه بود جواب دادند، فرمود: مرا به شهر قم ببرید، زیرا از پدرم شنیدم که مى فرمود: شهر قم مرکز شیعیان ما است. بزرگان شهر قم وقتى از این خبر مسرت بخش مطلع شدند به استقبال آن حضرت شتافتند; و در حالى که «موسى بن خزرج» بزرگ خاندان «اشعرى» زمام ناقه آن حضرت را به دوش مى کشید و عده فراوانى از مردم پیاده و سواره گرداگرد کجاوه حضرت در حرکت بودند، حدوداً در روز 23 ربیع الاول سال 201 هجرى قمرى حضرت وارد شهر مقدس قم شدند. سپس در محلى که امروز «میدان میر» نامیده مى شود شتر آن حضرت در جلو در منزل «موسى بن خزرج» زانو زد و افتخار میزبانى حضرت نصیب او شد.

آن بزرگوار به مدت 17 روز در این شهر زندگى کرد و در این مدت مشغول عبادت و راز و نیاز با پروردگار متعال بود.

محل عبادت آن حضرت در مدرسه ستیه به نام «بیت النور» هم اکنون محل زیارت ارادتمندان آن حضرت است.

سرانجام در روز دهم ربیع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربع الثانى» سال 201 هجرى پیش از آن که دیدگان مبارکش به دیدار برادر روشن شود، در دیار غربت و با اندوه فراوان دیده از جهان فروبست و شیعیان را در ماتم خود به سوگ نشاند .مردم قم با تجلیل فراوان پیکر پاکش را به سوى محل فعلى که در آن روز بیرون شهر و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشییع نمودند. همین که قبر مهیا شد دراین که چه کسى بدن مطهر آن حضرت را داخل قبر قرار دهد دچار مشکل شدند، که ناگاه دو تن سواره که نقاب به صورت داشتند از جانب قبله پیدا شدند و به سرعت نزدیک آمدند و پس از خواندن نماز یکى از آن دو وارد قبر شد و دیگرى جسد پاک و مطهر آن حضرت را برداشت و به دست او داد تا در دل خاک نهان سازد.

آن دو نفر پس از پایان مراسم بدون آن که با کسى سخن بگویند بر اسب هاى خود سوار و از محل دور شدند.

بنا به گفته بعضی از علما به نظر مى رسد که آن دو بزرگوار، دو حجت پروردگار: حضرت رضا (ع) و امام جواد (ع) باشند چرا که معمولاً مراسم دفن بزرگان دین با حضور اولیا الهی انجام شده است.

پس از دفن حضرت معصومه(س) موسى بن خزرج سایبانى از بوریا بر فراز قبر شریفش قرار داد تا این که حضرت زینب فرزند امام جواد(ع) به سال 256 هجرى قمرى اولین گنبد را بر فراز قبر شریف عمه بزرگوارش بنا کرد و بدین سان تربت پاک آن بانوى بزرگوار اسلام قبله گاه قلوب ارادتمندان به اهلبیت (ع). و دارالشفای دلسوختگان عاشق ولایت وامامت شد.